Gennem tiderne har mennesker holdt til på Ærø. Nogle af de tidligste spor efter mennesker her i landet er således fundet på øen.

For mere end 11.000 år siden har der strejfet jægere rundt her i nabolaget, og som et bevis på deres tilstedeværelse og som en hilsen til en senere tid har disse mennesker nedlagt et depot af pilespidser ved Ommelshoved.

En række gravhøje rundt på øen fortæller os det samme. Der er fundet tegn på mindst 250 ærøske gravhøje, hvilket indikerer at øen har været tæt befolket.
Både jættestuen i Kragnæs og langdyssen i St. Rise er velbevarede. Det samme gælder langdyssen og jættestuen på toppen af Lindsbjerg, et udsigtspunkt, hvorfra man kan se næsten hele horisonten rundt.

Et andet synligt tegn på menneskelig aktiviteter er de mange voldsteder, så som voldstedet ved Søbygarrd. Disse forsvarsanlæg, hvoraf en del er anlagt i 1100 tallet, er opført til værn mod venderne, der opererede ud fra deres hjemegn, den tyske nordkyst.

Nogle steder slog venderne sig ned og blev boende, hvad forskellige stednavne lader ane. Her på Ærø mener man, at Vindeballe er anlagt af disse påtrængende tilflyttere.